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Foi fundado em 1893 pelo Doutor José Leite de Vasconcelos e o seu acervo, alojado no Mosteiro dos Jerónimos, reúne as suas colecções iniciais, bem como as de Estácio da Veiga. A estas somaram-se muitas outras, casos das colecções de arqueologia da antiga Casa Real Portuguesa, ou das colecções de arqueologia do antigo Museu de Belas Artes. Outras aqui chegaram por doação ou legado de coleccionadores e grande amigos do museu, como Bustorff Silva, Luís Bramão, e Samuel Levy.